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Les vaccins font partie du champ d’action de l’ANSM. Ce sont des médicaments. L’Agence intervient dès lors également à partir de la phase des essais cliniques. Elle accorde ensuite, au niveau national, son autorisation de mise sur le marché (AMM) en fonction de l'évaluation bénéfices/risques. L'AMM peut aussi être délivrée, pour l'ensemble du territoire de l'Union européenne, par la Commission européenne après avis de l'Agence européenne des médicaments (EMA). L'ANSM poursuit son action en assurant la surveillance de sa sécurité d'emploi et contrôle la publicité auprès du public et des professionnels de santé.