L'interaction est définie par un couple de protagonistes "a + b" qui peuvent être :
une substance active, désignée par sa dénomination commune internationale (DCI)
ou une classe thérapeutique, elle-même faisant l'objet d' interactions "de classe"
Le premier protagoniste de l'interaction ("a") apparaît en grisé dans le Thesaurus.
Les protagonistes "b" sont ensuite déclinés, précédés d'un signe " + ".
Lorsque l'interaction concerne une classe thérapeutique, les diverses substances qui composent cette classe sont citées à l'intérieur de la zone grisée.
Lorsque l'interaction concerne une seule substance, les diverses classes thérapeutiques incluant cette substance, et faisant par ailleurs l'objet d'interactions de classe, sont citées à l'intérieur de la zone grisée.
Ces couples apparaissent "en miroir", chaque interaction étant mentionnée deux fois, selon que la recherche porte sur l'un ou l'autre des protagonistes.
Toutes les substances ou classes thérapeutiques figurant dans le Thesaurus apparaissent par ordre alphabétique.
Deux index accompagnent ce Thesaurus :
l'index de toutes les substances citées dans le Thesaurus précise, le cas échéant, dans quelles classes thérapeutiques elles figurent et/ou si elles ont des interactions en propre.
l'index des classes pharmaco-thérapeutiques mentionne toutes les classes présentes dans le Thesaurus.